2001年9月11日，蓋達組織（Al-Qaeda）對紐約及華盛頓發動恐怖攻擊後，美國調整全球戰略，強化與盟邦及以聯合國為主的國際組織之雙邊及多邊合作，防止恐怖組織針對國際社會發動安全威脅；同時，聯合國安全理事會亦通過第一三七三號決議案，呼籲各國緊急合作，防制及制止恐怖行動。我國為地球村之一份子，不能置身於世界反恐怖行動之外，為順應此發展，積極配合建構相關反恐機制，以具體行動與世界各國建立反恐怖合作關係。

(一) 行政院反恐怖行動政策小組(92年1月6日～94年1月31日)
92年1月6日行政院核定「行政院反恐怖行動政策小組設置要點」，成立反恐怖行動政策小組，由院長擔任召集人，成員涵蓋12個部會，陸續推動多項全面性的反恐具體措施，制定「我國反恐怖行動組織架構及運作機制」，依「危機預防」、「危機處理」、「復原清理」等三階段，整合國安體系與行政體系間之聯繫及分工，明確區分「平時」及「變時」處理之組織架構及職掌，並律定機制啟動及決策流程。

(二) 行政院反恐怖行動政策會報 (94年1月31日～96年12月21日)
94年1月31日行政院核定「行政院反恐怖行動政策會報設置要點」，於行政院院本部成立「反恐怖行動管控辦公室」任務編組，擔任會報幕僚，並積極辦理教育訓練，由反恐怖攻擊應變組權責部會策定應變計畫，舉行大型跨部會反恐怖行動專案演習，驗證救災與反恐機制之結合，並依據演習結果，修訂「我國反恐怖行動組織架構及運作機制」，調整應變組織架構及預警情資作業。

(三) 行政院國土安全政策會報 (96年12月21日~迄今)
96年12月21日「行政院反恐怖行動政策會報設置要點」修正為「行政院國土安全政策會報設置要點」，由行政院國土安全辦公室擔任幕僚單位，主要任務為整合國內反恐怖行動、核子事故、傳染病疫病、毒災應變及資通安全等機制，建立專業分工、協同合作之國土安全應變網。為因應整體情勢變化，行政院於103年11月7日核定增列重大人為危安事件之應處，納入各應變組任務，並將名稱修正為「行政院國土安全政策會報設置及作業要點」，建立國土安全緊急應變小組、二級應變中心、一級應變中心之三層級應變架構。

國家關鍵基礎設施(Critical Infrastructure, CI)正常運作攸關國家安全、人民生活及經濟發展，為確保CI安全，強化風險管理，逐步完備我國CI防護能量，行政院於101年3月19日函頒「國家關鍵基礎設施安全防護計畫指導綱要」。復經102年11月6日行政院國土安全政策會報決議，為落實推動CI防護，修訂為「國家關鍵基礎設施安全防護指導綱要(下稱CI指導綱要)」，並於103年12月29日函頒、107年5月18日訂正，以持續強化CI安全防護功能。

112年間配合中央政府組織調整，數位發展部成立，掌理國家資通安全政策等相關事項，因應資安事件之通報、應變及防護事宜，業由「行政院國家資通安全會報」下設「資通安全防護組」辦理，資通安全重大人為危安事件或恐怖攻擊應變改納該會報運作。另考量通訊傳播領域CI業務移撥數位發展部管轄，新增「數位發展部部長」為國土安全政策會報委員。